В составе столичного клуба Абзал Бейсебеков дебютировал 6 апреля 2009 года, в Алматы в матче против «Атырау» (2:1). Он вышел в стартовом составе и был заменен на 88-й минуте. С 2014 года постоянно играет за столичный клуб. За «Астану» сыграл 228 матчей, забил 10 мячей. Всего в Премьер-лиге Казахстана провел 267 матчей, забил 10 мячей.