Юрий Логвиненко в Премьер-лиге дебютировал в составе «Актобе» 8 апреля 2006 года, в возрасте 17-ти лет в матче против «Тараза» (1:1). Свой первый гол забил 28 мая 2006 года в ворота Сергея Захарецкого из «Кайсара» (5:0). Всего в составе «Актобе» провел 227 матчей, забил 14 голов. В составе нынешнего клуба «Астаны» сыграл 88 матчей, забил 11 голов.
Всего в Премьер-лиге Казахстана сыграл 315 матчей, забил 25 мячей.